La preocupación por el caso más polémico durante su administración (la desaparición de 43 estudiantes de Ayotzinapa), se manifestó en una presunta reunión que tuvieron Enrique Peña Nieto y Carlos Salinas de Gortari, previo a los comicios presidenciales.

Jesús Murillo Karam, quien participaría de la reunión, plantearía los pormenores de la investigación que Tomás Zerón y él llevaron a cabo. La situación era crítica. Los números, desde meses en contra de su humilde candidato e inflados con hormonas naturales del "mal humor social", daban la victoria aplastante a Andrés Manuel López Obrador. Así, ya era un hecho que tendría lugar una Comisión de la Verdad, con o sin el aval jurídico de la Suprema Corte de Justicia.

El día llegó. Y hoy, a menos de 10 días del triunfo incuestionable de Morena, el ministro presidente Luis María Aguilar develó que que la Comisión de la Verdad para el Caso Iguala no puede suspender su conformación y debe seguir en marcha, tal y como lo determinó un Tribunal Colegiado de Tamaulipas. El gesto a favor de AMLO no fue menos discreto.

No sólo dio luz verde a la reanudación de las investigaciones, desechando los recursos de queja presentados por la PGR y la Oficina de la Presidencia, dando validez a las sentencias de amparo que ordenaron crear dicha comisión. También, la Suprema Corte se declaró incompetente para conocer las quejas, y por ello no puede suspender el procedimiento de ejecución respectivo. 

Finalmente, Aguilar requirió a la PGR y al Presidente de la República para que, en tres días, manifiesten ante el Tercer Tribunal Unitario de Matamoros, si consideran que existe una imposibilidad jurídica para dar cumplimiento al respectivo fallo protector.